Video: Vad är en BAM-indexfil?
2024 Författare: Lynn Donovan | [email protected]. Senast ändrad: 2023-12-15 23:53
A BAM-fil (. bam ) är den binära versionen av en SAM fil . En SAM fil (. sam) är en tabbavgränsad text fil som innehåller sekvensanpassningsdata. Indexering : IGV kräver att både SAM och BAM-filer sorteras efter position och indexeras , och att indexfiler följa en specifik namnkonvention.
På samma sätt frågar folk, hur öppnar jag en BAM-fil?
Från Fil meny välj Öppen och välj BAM-filer från vänster sida. Välj-knappen till höger som säger Lägg till en BAM-fil . Navigera till BAM Testa Filer mappen du laddade ner välj with_index_with_graph. Klick Öppen , välj kartan.
För det andra, hur konverterar jag en BAM-fil till Fastq? Nedan är stegen för att konvertera BAM-fil till FASTQ-format. Detta kommer att fungera på Linux och kommer att kräva SAMTOOLS och BEDTOOLS
- Ladda ner SAMTOOLS.
- Extrahera med kommandot tar xzvf samtools-version.tar.bz2.
- Det kommer att skapa en mapp med namnet samtools-version.
- Flytta till katalogen cd samtools-version.
På samma sätt, hur konverterar jag en BAM-fil till en SAM-fil?
Till konvertera SAM till BAM , använder vi samtools view-kommandot. Vi måste specificera att vår input är in SAM-format (som standard förväntar den sig BAM ) med alternativet -S. Vi måste också säga att vi vill att produktionen ska vara BAM (som standard producerar den BAM ) med alternativet -b.
Vad gör Samtools view?
Samtools är en uppsättning verktyg som manipulerar justeringar i BAM-formatet. Den importerar från och exporterar till SAM-formatet (Sequence Alignment/Map), gör sortering, sammanslagning och indexering, och gör det möjligt att snabbt hämta läsningar i alla regioner. Samtools är utformad för att fungera på en stream.
Rekommenderad:
Vad är w3c vad är Whatwg?
Web Hypertext Application Technology Working Group (WHATWG) är en grupp människor som är intresserade av att utveckla HTML och relaterade teknologier. WHATWG grundades av personer från Apple Inc., Mozilla Foundation och Opera Software, ledande webbläsarleverantörer, 2004
Vad är en process i ett operativsystem vad är en tråd i ett operativsystem?
En process, i de enklaste termerna, är ett exekveringsprogram. En eller flera trådar körs inom ramen för processen. En tråd är den grundläggande enhet till vilken operativsystemet allokerar processortid. Trådpoolen används främst för att minska antalet applikationstrådar och tillhandahålla hantering av arbetstrådarna
Vad är en persondator Vad är förkortningen?
PC - Detta är förkortningen för persondator
Vad är social ingenjörskonst och vad är dess syfte?
Social ingenjörskonst är termen som används för ett brett spektrum av skadliga aktiviteter som utförs genom mänsklig interaktion. Den använder psykologisk manipulation för att lura användare att göra säkerhetsmisstag eller ge bort känslig information
Vad är representativitetsheuristiken Vad är tillgänglighetsheuristiken?
Tillgänglighetsheuristiken är en mental genväg som hjälper oss att fatta ett beslut baserat på hur lätt det är att tänka på något. Representativitetsheuristiken är en mental genväg som hjälper oss att fatta ett beslut genom att jämföra information med våra mentala prototyper